拉丁教会本身也受到了理性精神复苏的极大影响，遭到了肢解，即使是幸存的部分也经过了深刻的改造。

前文已经分别论述了教会如何在12世纪至13世纪专制地统治着所有基督教国家，到了14世纪至15世纪又如何失去了民心和统治能力，说明了作为教会早期支持者和力量源泉的宗教热情，后来如何由于教会的狂妄自大、无情迫害和中央集权，而成为对抗教会的力量，也说明了阴险多疑的腓特烈二世如何导致了诸王侯的反抗。此外，教皇的分立又进一步使教廷的宗教和政治威信下降到无足轻重的地步。随后，反对派的力量便从这两个方向上同时向教会发起攻击。

英国人威克里夫的教义，逐渐传遍了欧洲的每一个角落。到了1398年，捷克学者约翰·胡司（john

huss）在布拉格大学发表了一系列关于威克里夫教义的演讲。这样一来，教义一下子就超出了受教育阶层的范围，迅速唤起了广大群众的热情。从1414年到1419年，为了解决教皇分立的问题，教廷在康斯坦茨召开了全体会议。胡司受邀参加了这次大会，并从皇帝那里得到了保证安全的许诺。尽管如此，他还是遭到逮捕，以“散布异端邪说”的罪名受审，最后被活活烧死（1415年）。

然而，这种行径不仅未能将波西米亚人镇压下去，反而引发了胡司派信徒的起义，随即又演变成一连串的宗教战争，拉开了拉丁系基督教分裂的序幕。为了镇压这次起义，教皇马丁五世（即康斯坦茨大会上选出的重新统一的教皇）颁布了组建十字军的训谕。

教廷对这个顽强不屈的小国家，先后发动了五次十字军征讨，但是全都以失败告终。15世纪，整个欧洲的无业游民全都涌到了波西米亚，就像13世纪时大军压向瓦勒度派一样。但是，波西米亚的捷克人毕竟与瓦勒度派不同，他们对武装抵抗充满了信心。那些进攻波西米亚的十字军，一听到胡司派辚辚的战车声和进军时的激昂战歌就胆战心惊，尚未交手便从战场上潮水般地溃退下来（1431年的多马日利采之战）。1436年，教廷在巴塞尔召开了一次新的宗教会议，与胡司派达成了一项协议，拉丁派特有的多种宗教仪式终于得到了承认。

15世纪欧洲爆发了一场大瘟疫，从而在这片大陆上造成了极大的混乱。在英国和法国，广大民众陷入了极大的贫困和不满，农民经常发动起义来反对地主和富农。胡司战争以后，德国农民暴动的危险性日益增加，并染上了浓厚的宗教色彩。印刷技术的出现进一步促进了农民战争的发展。到了15世纪中叶，荷兰和莱茵兰的印刷工匠已经掌握了活字印刷技术，这种技术又很快传到了意大利和英国，1477年，威廉·卡克斯顿（william

caxton）在威斯敏斯特开办了英国第一家印刷厂。

印刷技术发展的直接后果，就是使圣经得到了最广泛的普及，人们对于圣经的讨论也更为常见，欧洲完全成了一个圣经读者的世界，这种情况是前所未有的。也就是说，正当教会出现混乱和分裂，完全失去了有效的自卫能力之时，正当许多王侯寻找某种手段，以削弱教会对其领土内庞大财产的控制之时，一种更为清晰的思想和更容易接受的主张，灌入了广大民众的头脑中。

在德意志，反对教会的斗争以前修道士马丁·路德（martin

luther，1483—1546）为中心展开。马丁·路德早在1517年就曾在威登堡对正统教派的种种教义和仪式提出责难。起初，他也按照经院派学者的习惯，用拉丁文来进行论战。后来，他利用了印刷品这样一件新武器，用德文向广大普通民众进行宣传，从而使自己的观点传到了遥远的地方。当时也曾有人策划杀害他的阴谋，就像当年杀害胡司那样。但由于印刷机的作用，他在王公贵族中获得了大量公开和秘密的支持者，这就使情况发生了变化，从而逃脱了厄运。

但在这个思想纷杂、信仰贫弱的时代，许多统治者看到了切断自己属民与罗马教廷之间宗教联系的好处，他们希望自己能够成为更国家化的宗教领袖。于是，英格兰、苏格兰、瑞典、挪威、丹麦、德意志北部、波西米亚等地相继脱离了罗马教廷。直到今天，这些国家依然维持着独立。